2003年,学院在学科建设上取得了喜人的成绩，新增一个博士后流动站，二个博士学位授权学科，四个硕士学位授权学科。

根据人事部、全国博士后管委会[2003]38号文件《关于新设434个博士后科研流动站的通知》，我院一级学科中医学新增设为博士后科研流动站。

根据浙江省学位委员会 [2003]13号文件，我院中西医结合临床、中药学两个专业新增为博士学位授权学科、专业，中医医史文献、方剂学、中医外科学、生药学四个专业新增为硕士学位授权学科、专业。至此，我院已拥有18个硕士点，4个博士点，其中硕士点涉及了中医学、中药学、中西医结合、临床医学、药学5个一级学科，博士点涉及了中医学、中药学、中西医结合3个一级学科。